FAQ

Questions diverses et demandes¶

Pour toute question, vous pouvez vous adresser à l’adresse mail suivante: calcul@math.univ-toulouse.fr

C’est une liste qui d’adresse au groupe calcul: Fred Couderc (EDP), Sébastien Déjean (SO), Fabrice Deluzet (EDP) et Laurent Risser (SO), par ordre alphabétique, et à la cellule informatique: Pierre Gambarotto et Maurane Woussen.

Vous pouvez aussi nous contacter sur Mattermost sur une chaîne dédiée (solution à privilégier).

Gmsh (mailleur)¶

Afin de pouvoir utiliser le binaire gmsh ou l’utiliser sous forme de librairie dans python (import gmsh):

spack load miniconda3@22.11.1%gcc@13.2.0 gmsh%gcc@13.2.0

et éventuellement si une erreur apparaît:

export GCC_DIR=$(spack location -i gcc@13.2.0)
export LD_LIBRARY_PATH=$GCC_DIR/lib64

afin de fixer les chemins vers les librairies nécessaires au bon fonctionnement.

ssh X11 forwarding sous MacOS¶

Error: Can't open display:

Cette erreur apparaît si vous lancer une session interactive avec --X11 depuis une machine sous MacOS. Elle s'accompagne généralement d'un warning à la connexion SSH avec -X :

Warning: untrusted X11 forwarding setup failed: xauth key data not generated

Pour utiliser une interface graphique depuis une connexion SSH sous MacOS, il vous faudra l'outil XQuartz.

Installation en ligne de commande avec Homebrew :
```
brew install --cask xquartz
```
Installation graphique : télécharger le .pkg disponible sur le site de XQuartz.

Il faut ensuite redémarrer votre machine

sudo reboot

Pour vérifier si XQuartz est bien installé

xquartz --version

Maintenant vous pouvez taper ssh -X user@calcul sans message de Warning et ouvrir des éléments graphiques depuis cette connexion.

Pourquoi un tel système (sophistiqué)¶

Ce service de calcul est partagé par tout le laboratoire. Pour garantir un usage équitable et efficace des ressources, nous utilisons le gestionnaire de jobs Slurm. Il évite notamment que des sessions laissées ouvertes bloquent l’accès aux autres utilisateurs, grâce à des limites de temps définies par file d’attente (queue).

Pour disposer de logiciels récents et gérer correctement leurs dépendances, nous avons choisi le gestionnaire de paquets Spack (avec possibilité d’utiliser aussi Nix ou Guix). Cela facilite le déploiement et la maintenance des environnements logiciels.

L’accès via une unique frontale de calcul permettra progressivement de centraliser la connexion à l’ensemble des serveurs, y compris ceux soumis à des restrictions temporaires (par exemple les équipements financés sur crédits spécifiques avant mutualisation).

Enfin, Slurm et Spack sont utilisés sur l’ensemble des infrastructures de calcul locales (CALMIP), nationales (GENCI–IDRIS/CINES/CEA) et européennes (PRACE). Leur utilisation présente donc aussi un intérêt pédagogique.