Julia

Lancer des calculs¶

On rappelle brièvement les commandes successives à lancer et expliquées ici dans le détail.

Pour se connecter à la frontale de soumission:

ssh -X calcul

Pour lancer un job interactif:

salloc --x11 srun --pty /bin/bash

Pour activer l'environnement Spack et pouvoir utiliser les logiciels installés avec :

load_spack

Attention : premier lancement lent

Le premier appel de cette commande prend environ 1 minute car Spack doit créer un dossier .spack dans votre répertoire personnel.

C'est tout à fait normal : ne fermez pas votre terminal et patientez.

Les appels suivants seront instantanés.

Appeler Julia¶

Afin de pouvoir charger l’environnement Julia, vous devez charger le paquet spack:

spack load julia@1.9.2

Installer des paquets¶

Il est fortement conseillé de ne pas utiliser son répertoire par défaut /home/<username> pour installer des paquets Julia pour des problèmes de lenteur d'accès (fluctuant) à cet espace.

Comme expliqué ici, il est préférable d'utiliser l'espace /scratch qui est un espace monté sur le réseau dont les accès sont beaucoup plus rapides.

Pour ce faire, il faut créer un répertoire à l'intérieur dédié aux paquets Julia:

mkdir -m 700 /scratch/<username>/julia

Rediriger Julia vers ce dossier

export JULIA_DEPOT_PATH=/scratch/<username>/julia

Note

Il sera nécessaire de relancer cette commande à chaque installation. Pour éviter cette manipulation, vous pouvez ajouter cette commande dans votre fichier /home/<username>/.bashrc

Pour vérifier si Julia prend en compte ce chemin dans le REPL Julia

julia>DEPOT_PATH

Ensuite, Julia installera automatiquement vos paquets dans ce dossier. Par exemple, depuis le REPL

julia>] add mon_paquet

Problème d'installation

Si vous rencontrez des conflits entre votre ancienne installation dans votre /home et la nouvelle dans votre /scratch, il est recommandé de repartir de zéro.

# copie de l'ancien environnement
cp -r ~/.julia/environments/* /scratch/<username>/julia/environments/

# Suppression de l'ancien environnement
rm -rf ~/.julia

# Réinstallation dans Julia
julia>] instantiate