R
Lancer des calculs¶
On rappelle brièvement les commandes successives à lancer et expliquées ici dans le détail.
Pour se connecter à la frontale de soumission:
Pour lancer un job interactif:
Pour activer l'environnement Spack et pouvoir utiliser les logiciels installés avec :
Attention : premier lancement lent
Le premier appel de cette commande prend environ 1 minute car Spack doit créer un dossier .spack dans votre répertoire personnel.
C'est tout à fait normal : ne fermez pas votre terminal et patientez.
Les appels suivants seront instantanés.
Appeler R¶
Afin de pouvoir charger l’environnement R, vous devez charger le paquet spack:
Note
cmake est nécessaire pour installer certains paquets.
Gestion des paquets¶
Il est fortement conseillé de ne pas utiliser son répertoire par défaut /home/<username> pour installer des paquets R pour des problèmes de lenteur d'accès (fluctuant) à cet espace.
Comme expliqué ici, il est préférable d'utiliser l'espace /scratch qui est un espace monté sur le réseau dont les accès sont beaucoup plus rapides.
Pour ce faire, il faut créer un répertoire à l'intérieur dédié aux paquets R:
et fixer la variable d'environnement R_LIBS:
Note
Il sera nécessaire de relancer cette commande à chaque installation.
Vous pouvez à présent installer vos paquets R à l'intérieur.
Cette commande est strictement équivalente à l'intérieur d'un session R (après avoir lancé la commande R):